붓기와 멍은 시술부위와 주입된 지방의 양, 그리고 개인차에 따라 정도의 차이가 있습니다만, 대부분 늦어도 2주내에는 큰 붓기와 멍이 빠지게 됩니다. 수술 중 혹은 이후에 시술 부위에 출혈이 발생할 수 있습니다. 대부분의 경우에는 멍이 든 정도로 시간이 지나면서 저절로 흡수되지만 드물게 별도의 배액이 필요할 정도의 혈종이 생길 수 있습니다. 대부분은 아스피린, 소염제 ,한약 등의 약물을 복용하고 있는 경우에 발생하며, 마늘 농축액, 달맞이유, 오메가 3등의 건강 보조식품을 장기간 복용하고 있는 경우에도 지혈 작용이 저하되면서 심한 혈종이 생길 수 있습니다. 따라서 수술전 복용하고 계신 약제나 건강보조식품이 있으면 사소하다고 생각하시더라도 반드시 의료진에게 말씀해 주시기 바랍니다. 

지방을 채취한 부분에서 진물이 고여 장액종이 발생할 수 있습니다만, 대부분 주사기로 빼내는 간단한 시술로 치료가 가능합니다. 드물게 감염이 발생할 수 있지만 대부분 항생제 치료로 완치되지만 수술적 치료가 필요할 수도 있습니다. 절개를 하는 모든 시술은 그 정도의 차이는 있지만 흉터를 남기게 됩니다. 지방 이식술은 큰 절개 없이 작은 구멍(1~3mm)을 통해 이루어지기 때문에 대부분의 경우에는 눈에 크게 띄는 흉터를 남기지는 않지만, 지방 채취부위나 이식 부위에 드물게 색소 침착이나 꿰맨 자국 등과 같은 눈에 보이는 흉터가 생길 수 있으며, 이 경우 흉터 치료를 위한 추가적인 처치가 필요할 수 있습니다. 단, 수술 후 지방 이식을 위해 관이 들어갔던 입구나 지방 채취 시 만들었던 구멍부위가 붉게 보이는 것은 일시적으로 나타나는 현상이며, 대부분 시간이 지나면서 눈에 잘 띄지 않게 됩니다. 이식된 지방의 거의 대부분은 자연스럽게 느껴지지만, 일부가 딱딱하고 뭉쳐 보일 수 있습니다. 생착 되지 못한 지방은 체내에서 완전히 분해되어 흡수되지만, 잔해의 일부가 남아서 딱딱하고 불편하게 느껴질 수 있으며, 드물게 기름 주머니가 생길 수도 있습니다. 이러한 증상을 개선하기 위해 추가적인 시술이 필요할 수 있습니다. 

재흡수가 발생될 수도 있습니다. 이식된 지방 세포는 주변으로부터 자라나오는 혈관을 받아 생착 하게 되며, 혈관을 받지 못한 지방세포는 천천히 체내에서 흡수되게 됩니다.  정도의 차이는 있지만 이식된 지방의 부피는 시간이 지나면서 천천히 감소한 후, 일정하게 유지됩니다. 따라서 원하는 볼륨을 유지하기 위해서는 추가적으로 지방을 이식하는 과정이 필요할 수 있습니다. 연구 보고에 의하면 이식된 지방의 생착의 여부는 약 1~2개월 정도면 결정된다고 알려져 있으며 재흡수의 정도는 지방을 주입한 부위의 혈관 상태, 지방을 채취, 정제, 이식 과정에서 지방세포의 손상정도, 나이, 흡연 유무, 외상, 온도, 유전적 요인, 체중의 증가 등 다양한 요인에 의해 영향을 받기 때문에 정확하게 예상하는 것은 어렵습니다. 지방 이식 부위가 대칭적으로 보이지 않을 수 있습니다. 비대칭 현상이 생기는 것은 지방의 볼륨 외에도 피부의 탄력, 근육의 톤, 골격의 돌출된 정도와 같은 다양한 요인에 의해 영향을 받을 수 있습니다. 지방을 채취, 혹은 이식한 부위에 아주 드물지만 만성 통증이 발생할 수 있습니다. 시술 과정에서 신경, 혈관, 근육과 같은 심부 구조물에 손상이 있을 수 있습니다. 손상은 일시적일 수도 영구적일 수도 있습니다. 

드물게 테이프, 봉합사, 소독제등에 대한 국소적인 알러지 반응이 발생할 수 있습니다. 또한 시술과정에서 사용하는 약물로 인해 좀 더 심한 전신적 알러지 반응이 생길 수 있습니다. 알러지 반응이 발생하면 추가적인 치료가 필요할 수 있습니다. 지방이식술 후 지방색전증, 뇌경색, 뇌막염, 심각한 감염, 실명, 사망과 같은 심각한 합병증이 발생 했다는 보고가 있지만, 그러한 합병증이 발생한 확률은 매우 드뭅니다. 다른 수술과 마찬가지로 지방이식술로 인해 팔, 다리, 골반의 정맥 내부에서 혈전이 발생할 수 있으며, 혈전이 정맥 내에서 염증을 발생 시키거나 폐로 흘러가 호흡을 곤란하게 만들 수 있습니다. 극히 드문 합병증이기는 하지만, 파괴된 지방성분이나 작은 혈전이 혈관 내로 들어가 심폐기능의 치명적인 손상을 유발하는 지방색전증과 혈전 색전증이 보고된 바 있으며, 문헌상에서 보고된 확률은 0.03% 내외입니다.